São medicamentos preparados diretamente na farmácia pelo profissional farmacêutico, a partir das fórmulas inscritas no Formulário Nacional reconhecidos pela Anvisa,ou ainda a partir de uma prescrição de profissional habilitado, que estabeleça em detalhes sua composição, forma farmacêutica e posologia.

Um dos grandes diferenciais da manipulação é que existe a possibilidade de associações de princípios ativos, concentrando numa única dose os efeitos que o paciente só encontraria com a ingestão de vários medicamentos, adequando a dose de acordo com as necessidades individuais, o medicamento manipulado além de tornar o tratamento do paciente individualizado e especifico, o torna mais eficaz.